El Marco de Acción Prioritaria establecerá e identificará las posibles fuentes de financiación para las medidas identificadas. En buena parte, se tratará de movilizar los recursos de los principales instrumentos financieros de la Unión Europea. Sin embargo, la creciente dificultad para destinar recursos públicos a programas de conservación de la biodiversidad, requiere la utilización de mecanismos financieros innovadores.

Para evaluar las posibilidades que estos mecanismos pueden ofrecer para la gestión de la Red Natura 2000, se recopilará información basada en otras experiencias que se hayan llevado a cabo en España y se realizará un estudio que analizará los diversos mecanismos posibles, como instrumentos económicos, incluyendo pagos por servicios ambientales, etiquetado y certificación; enfoques basados en los beneficios para el bienestar público, canalización de flujos de inversión pública y privada, responsabilidad ambiental y medidas compensatorias, acuerdos voluntarios etc.

Tras la identificación de los mecanismos financieros innovadores susceptibles de utilización en la Red Natura 2000, se diseñará un sistema de aplicación de dichos mecanismos, con el fin de poder financiar por medio de ellos algunas de las acciones prioritarias identificadas en el MAP. Este sistema será discutido y definido en un panel de expertos, que se creará a tal efecto, y como resultado final se obtendrá un documento de criterios, pautas y directrices que ayuden en la aplicación de los diferentes mecanismos.